BNEP est un service de l’enseignement protestant qui a commencé ses activités au Rwanda pendant la période coloniale, avant que le Rwanda n’accède à son indépendance avec l’Alliance Protestante du Ruanda-Urundi. Depuis 1963, les organes du Conseil Protestant au Rwanda (CPR) avaient mis en place une Commission de l’Education avec un Président à la tête et un Secrétaire de cette commission qui était chargé de suivre journellement les activités éducatives et les problèmes qui en découlent afin d’y trouver des solutions. C’est ce service chargé de l’éducation au sein du CPR qui a pris le nom du Bureau National de l’Enseignement Protestant (BNEP).
Depuis la création du CPR, le BNEP était dirigé et coordonné par le Secrétaire Général du CPR. C’est en juin 1988 que le BNEP a été doté d’un personnel permanent avec à la tête un Directeur chargé de suivre et de coordonner toutes les activités éducatives dans les écoles des églises protestantes membres du CPR.
Actuellement, les activités du BNEP sont régies par les articles qui composent le Chapitre II de la loi organique n° 20/2003 du 03/08/2003 portant organisation de l’éducation. Ces articles reconnaissent le partenariat en éducation. L’article 18 de ce Chapitre stipule que l’Etat reconnaît les parents, les personnes privées, les associations et les communautés diverses comme partenaires en éducation dans le respect des lois en vigueur ainsi que des conventions signées avec ses partenaires.